В первые послевоенные годы восстановлением зданий и новым строительством занимались главным образом военно-строительные подразделения, прибывшие в Калининград вслед за частями Красной армии.
Уже 10 июля 1945 года было создано Управление военно-строительных работ с несколькими низовыми строительными организациями.
Заказы на городское строительство сосредоточивались в службе жилищно-коммунального хозяйства. Начало работы службы ЖКХ относится к июлю 1945 года в составе службы военного коменданта города.
19 ноября 1945 года образован коммунально-бытовой отдел Временного гражданского управления.
2 августа 1946 года, согласно постановлению Совета Министров СССР, было образовано Управление промышленности строительных материалов Калининградской области.
Калининградский областной отдел по делам архитектуры был создан 13 сентября 1946 года решением № 1064 Управления по гражданским делам Калининградской области.
28 мая 1947 года образован Калининградский областной отдел коммунального хозяйства.
За почти 65-летнюю историю областные органы строительства и ЖКХ неоднократно реорганизовывались. В структуру строительных органов власти в разное время входили и Отдел капитального строительства, и инспекция ГАСН, и Управление главного архитектора Калининграда, и даже органы дорожного хозяйства. Служба ЖКХ областного уровня также менялась: она объединялась как со службами транспорта, связи, энергетики, так и топливно-энергетического комплекса. Органы строительства и ЖКХ также неоднократно объединялись в одну службу.
Министерство жилищно-коммунального хозяйства и строительства Калининградской области образовано в октябре 2005 года путем реорганизации в форме слияния Главного управления по топливно-энергетическому и жилищно-коммунальному комплексам администрации области и строительного комитета администрации области с последующей передачей части функций Министерству развития инфраструктуры Калининградской области.
В ноябре 2010 года Указом Губернатора Калининградской области Министерство было переименовано в Министерство строительства и жилищно-коммунального хозяйства Калининградской области.
В июне 2012 года в Правительстве Калининградской области были образованы две новые структуры - Министерство ЖКХ и ТЭК и Министерство строительства.